Analyse d’images

Présentation

La plateforme dispose de 4 stations d’analyse performantes et d’un serveur de stockage en RAID 5 de 200To accessibles gratuitement. Elles sont en en libre accès mais doivent toutefois faire l’objet d’une réservation pour les utilisations prolongées telle que la déconvolution.

Pour une partie des instruments développés au laboratoire, nous concevons nos propres interfaces de pilotage (Labview, Micromanager) Nous développons également des outils d’analyse et contribuons à l’évolution et mises à jour du logiciel libre imageJ.

Le développement d’outils spécifiques à la demande (programmes ou macros) est possible dans le cadre d’une demande de projet qui peut aboutir à une collaboration.

Logiciels

Logiciels avec licence

  • Imaris 9.3.1: Licences: ImarisXT, MeasurementPro, ImarisTrack
    Ce logiciel de visualisation et d’analyse d’images multidimensionnelles (3D+t+multicanaux) permet entre autres la segmentation, le tracking 3D et l’édition de vidéos d’animations. Le module Imaris XT permet d’importer des fonctions et plugins développés sous Fiji, Matlab, Python et de nombreuses extensions d’Imaris.
  • Autoquant X 2.2 : Déconvolution (widefield et confocal), visualisation 3d, ratiométrie, tracking et mesures de fret en intensité.
  • Autodeblur : Déconvolution en batchprocessing sur la base de données des vidéomicroscopes leica.
  • Metamorph offline: Mesures et analyses
  • Amira 3.1 : Visualisation et analyse tridimentionnelle
  • SPCImage : Analyse d’images de FLIM
  • Pulse 5 : Imagerie en temps de vie
  • SIMfcs : Analyse de FCS et RICS
  • PUNIAS : Mesure de forces en AFM
  • Matlab : Programmation, analyses mathématiques
  • Igor Pro : Mesures, analyses et programmation
  • Origin : Statistiques et graphiques
  • Photoshop : Retouche et photomontage


Logiciels libres
ImageJ, FIJI : Mesures, analyses et programmation
CellProfiler : Segmentation et quantification en batch processing
Qupath : Analys d'image, Machine-Learning
Gimp : Retouche et photomontage
Leica LAS-AF Lite : Browser d’images confocales Leica (format .lif)
Quickfit : Analyses de courbes
RapidStorm : Analyse de STORM
R : Programmation et environnement statistique