Outils téléchargeables pour ImageJ

La majeure partie des outils présentés ici ont été développés au PIQ par Romain Vauchelles (Macros) et Philippe Carl (Plugins) et peuvent être modifiées selon vos besoins. Les tâches répétitives de type conversion de format peuvent êtres facilement automatisées, envoyez vos demandes à l’ingénieur de la plateforme.

Cette liste ne contiens pas les scripts développés pour les projets d'analyse d'image (segmentation, tracking mesures, etc ...).

Barres d’outils
Les barres d’outils sont à copier dans le répertoire ImageJ\macros\toolsets (clic droit, enregistrer sous ...)

toolbar PIQ user :
Raccourcis vers les fonctions les plus courantes pour les manipulations usuelles.
toolbar PIQ dev :
Fonctions utilisée pour le développement de méthodes d’analyse.

Plugins et macro
Les macros et plugins fonctionnent aussi bien dans imageJ que dans la distribution FIJI. Les macros développées par le PIQ ont été crées sur des plateformes Windows, certaines ne fonctionnerons pas sous Macintosh.
Pour les obtenir téléchargez-les (Clic droit + enregistrer sous) ouvrez le fichier zip et copier le fichier ( .txt, .zip ou .jar) dans le répertoire ImageJ\plugin. Au prochain démarrage d'imageJ, les macros et apparaissent dans le menu plugin.

Bio-format (University of Wisconsin-Madison) :
Utilitaire pour ouvrir la majeure partie des formats d’images utilisés en biologie, notamment pour les format propriétaires de microscopistes.  Il est déjà inclus dans la distribution FIJI. Téléchargez bioformats_package.jar

Lif to tif (PIQ): 
Extrait toutes les images d’un fichier Leica .lif (créé par le confocal Leica) et les enregistre en .tif dans un nouveau sous dossier. Cette macro ne fonctionne que si le plugin Bio-format est installé, elle est compatible PC et Mac.

nd to tif (PIQ):
Reconstruit des stacks multicanaux à partir des multiples fichiers  crées par Metamorph (acquisitions au format .nd). Cette macro fonctionne avec les images multicanaux, les Z-stacks, les timelapes et les timelapses multipositions. Elle conserve les métadonnées d’échelle sur XY si elles sont paramétrées dans le poste d’acquisition. Elle ne retrouve pas les dates des timelapses, ni l’échelle sur Z.
Cette macro est indiquée pour les acquisitions de timelape et de multiposition du vidéomicroscope Leica. Pour l’utiliser, sélectionner le fichier *.nd à convertir 

nd to tif batch (PIQ):
Cette version de nd to tif convertis toutes les images d’un répertoire contenant plusieurs fichiers *.nd .
Elle est indiquée pour les acquisitions sans timelape au vidéomicroscope Leica.

Overlay_FW4000 (PIQ):
Reconstruit des stacks multicanaux à partir des images brutes du vidéomicroscope leica ASMDW (ne prends pas en compte ni les séries z ni les series t)

Hyperstack_FW4000 (PIQ):
Prends les images d’un time laspe multi-position acquises sur le leica ASMDW et crée un stack 5D par position dans un nouveau répertoire.

Labview_to_tif (PIQ):
Convertis un répertoire d’images du microscope 2 photons au format de labview en image TIF. L’utilisateur doit entrer les dimensions et l’offset de l’image. Le répertoire source doit contenir exclusivement des images labview sans extension.

Image_converter (PIQ):
Sélectionne tout les images d’un format choisi d’un même répertoire puis les convertis et les enregistre dans un nouveau sous dossier. fonctionne avec les formats suivants: tif multicanaux, RGB-tif, raw, jpeg, jpg, png, bmp , gif

Intensity_Curve_Hyperstack (PIQ):
Sur un stack multidimensionnel , cette macro permet de tracer la courbe de variation du signal selon l’axe défini par l’utilisateur (temporel,vertical ou spectral). Les mesures sont faites sur une région sélectionnée par l’utilisateur.

Liste_des_lut_imageJ (PIQ):
Crée un tableau présentant toutes les luts actuellement chargées dans imageJ.

Image Stabilizer (Kang Li):
Plugin de registration: stabilise les stacks temporels où l’image se décale aléatoirement entre chaque plan successif.

Stabilizer local (PIQ):
Cette macro nécessite d'avoir installé le plugin Image_Stabiliser mentionné ci-dessus. Elle permet de stabiliser l’image en prenant comme référence une zone définie par l’utilisateur.

Split Chip to multi chan (PIQ):
A partir d’une image 512*1024 présentant 2 canaux côte à côte, cette macro reconstruit une image 2 canaux en 512*512. Elle est utilisée pour les images crées avec les vidéomicroscopes équipé des spliters Hamamatsu Gemini et Cairn Optosplit.

Chan_shifter_3D (PIQ):
Dans une image 3D, cette macro permet de décaler un canal par rapport aux autres. Le déplacement peut être fait dans les 3 dimensions x, y ou z. La macro ne fonctionne pas sur les hyperstacks (3d+t). Elle peut être utilisée pour corriger un décalage latéral entre les canaux dû à l'utilisation de différents filtres dichroïques. Elle peux aussi servir à corriger un décalage vertical dû a des aberrations chromatiques.

Fluorescence_compensation (PIQ):
Outil de compensation de fluorescence pour corriger le chevauchement spectral.

3D Scalebar (PIQ):
Ajoute une barre d’échelle en 3D (barreau) facile à visualiser dans une présentation animée d’une projection 3D.

Radial Profile Extended (PIQ) :
Update du Plugin Radial Profile (Paul Baggethun). Ce plugin établis un profil d’intensité radiale en intégrant l’ensemble des rayons d’un disque ou en restreignant l’angle d’ouverture des rayons analysés. Il peut également être utilisé pour mesurer la taille d’objets circulaires.

Colocalization_Finder(PIQ):
Update de Colocalization Finder (Jerôme Mutterer). Ce plugin réalise le corrélogramme (Scatter Plot) et mesure le coefficient de Pearson sur des essais de colocalisation. Il peux également être utilisé pour de la mesure de brillance et fonctionne avec des images de n’importe quel format.

Look up table
Les luts sont à copier dans le répertoire ImageJ\luts

Rainbow.lut:
Cette lut arc-en-ciel a la particularité de présenter un dégradé de teintes tout en conservant une luminosité et une saturation constante.